- Infectie: Zoals bij elke injectie bestaat er een klein risico op infectie op de injectieplaats.
- Zwelling: Het gebied rond de injectieplaats kan gedurende enkele dagen lichtjes opzwellen.
- Pijn: Sommige honden kunnen gedurende een paar uur lichte pijn ervaren op de injectieplaats.
- Kneuzingen: Er kunnen wat blauwe plekken rond de injectieplaats aanwezig zijn.
- Migratie: In zeldzame gevallen kan de microchip migreren van de oorspronkelijke injectieplaats. De kans hierop is groter als de hond erg actief is of als de injectieplaats niet goed is afgesloten.
- Weefselschade: In uiterst zeldzame gevallen kan de microchip weefsel of zenuwen beschadigen. De kans hierop is groter als de microchip niet correct is geplaatst.
- Kanker: Er is geen wetenschappelijk bewijs dat de bewering ondersteunt dat chippen kanker kan veroorzaken. Sommige eigenaren van gezelschapsdieren hebben echter anekdotisch bewijs dat erop wijst dat hun huisdieren kanker hebben ontwikkeld op of nabij de injectieplaats.
