Havanezer honden kunnen worden beïnvloed door de volgende (maar niet beperkt tot) gezondheidsproblemen en ziekten, waarvan sommige erfelijk zijn. Het zijn niet allemaal risicovolle gezondheidsproblemen en ziekten voor Havanezer-honden. Sommigen van hen zijn omgevingsziekten en kunnen dus gemakkelijk worden vermeden door Havanezer honden de juiste zorg en aandacht te geven.