Pekinees kan worden beïnvloed door de volgende (maar niet beperkt tot) gezondheidsproblemen en ziekten, waarvan sommige erfelijk zijn. Het zijn niet allemaal risicovolle gezondheidsproblemen en ziekten voor pekinees. Sommigen van hen zijn omgevingsziekten en kunnen dus gemakkelijk worden vermeden door pekinees de juiste zorg en aandacht te geven.
Bot-, spier- en gewrichtsproblemen
- Heupdysplasie
- Tussenwervelschijfziekte (IVDD)
- Legg-calve-perthes-ziekte
- Patellair luxatie
Cardiovasculaire problemen
- Hartgeruis
- Mitralisklepziekte
- Portosystemische shunt
Ademhalingsproblemen
- Brachycefalisch luchtwegsyndroom
Huidproblemen
Urineproblemen
Problemen met zien en horen
- Staar
- Kersenoog
- Hoofdvlieszweren
- Distichiasis
- Entropion
- glaucoom
- Keratoconjunctivitis sicca (droge ogen)
Neurologische problemen
Gastro-intestinale problemen
- Pylorusstenose
- Hernia's
- Hemorragische gastro-enteritis
Problemen met het voortplantingssysteem
