De meeste reptielen ademen zoals mensen:ze ademen zuurstof in via hun neusgaten of monden. Waterschildpadden en sommige slangen kunnen echter ook kleine hoeveelheden zuurstof uit water halen. Terwijl slangen meestal naar de oppervlakte komen om hun zuurstofvoorraden aan te vullen, kunnen ze via hun huid wat zuurstof uit het water opnemen. Schildpadden halen zuurstof uit het water via de huid van hun nek en cloacas - de kamer waardoor ontlasting, uraten en eieren passeren.
De meeste reptielen zijn ectotherme dieren, wat betekent dat hun biologische processen sneller plaatsvinden als de dieren warm zijn en langzamer als de dieren koel zijn. Dit betekent dat hoe hoger de temperatuur, hoe meer zuurstof reptielen nodig hebben. Daarom kunnen sommige slangen en schildpadden bij koude temperaturen, zoals tijdens de winterslaap, voldoende zuurstof uit het water halen om aan hun behoeften te voldoen zonder naar de oppervlakte te hoeven om lucht te halen.
