De longen van reptielen zijn het belangrijkste onderdeel van hun ademhalingssysteem, net als bij mensen, vogels en amfibieën die op het land leven. Onder de belangrijkste soorten reptielen zijn er echter enkele duidelijke verschillen in de details van het functioneren van hun ademhalingssysteem.
Ongeacht de verschillen werken de meeste reptielenlongen in wezen op dezelfde manier. Net als de longen van zoogdieren werken reptielenlongen als zuigpompen. Spieren die de longen aansturen, zorgen ervoor dat ze uitzetten. Door de uitzetting is de druk in de longen lager dan de druk buiten de longen; daarom vult lucht de longen (link =ref 5). Hoewel alle reptielen hun longen als primaire luchtbron gebruiken, kunnen sommigen hun huid gebruiken om zuurstof in hun lichaam te brengen. Zeeslangen kunnen bijvoorbeeld bijna de helft van de lucht die ze nodig hebben via hun huid opnemen (5).
De meest diverse groep reptielen zijn die met schubben - een groep genaamd Squamata. Squamaten omvatten slangen en hagedissen. Bij deze reptielen regelt de spier die hun longen bestuurt ook hun beweging. Daarom moeten veel reptielen hun adem inhouden tijdens snelle perioden van beweging, zoals rennen achter een prooi aan of weglopen van een roofdier. Een paar reptielen in deze groepen hebben manieren ontwikkeld om dit probleem te omzeilen. Het proto-diafragma van de Tegu-hagedis stelt hem bijvoorbeeld in staat zijn longen vollediger op te blazen, terwijl monitorhagedissen hun keelspieren kunnen gebruiken om de ademhaling tijdens beweging aan te pakken.
De Crocodilian-groep omvat krokodillen, alligators, kaaimannen en gharials. Deze reptielen hebben een efficiëntere ademhalingsmethode ontwikkeld dan die van hagedissen en slangen. Leden van deze reptielengroep hebben een middenrifspier, ook wel de heptische zuiger genoemd , gehecht aan hun lever; de andere kant van de lever zit vast aan de longen. Wanneer deze reptielen die spier samentrekken, beweegt de lever naar beneden in hun lichaam om de longen meer ruimte te geven om uit te zetten, zodat ze meer lucht kunnen vasthouden.
De Testudine-groep van reptielen omvat schildpadden, schildpadden en moerasschildpadden. Van alle reptielen heeft deze groep de meeste diversiteit in ademhalingsmethoden getoond. In tegenstelling tot andere reptielen hebben de meeste schildpadden en hun neven en nichten starre schelpen die niet kunnen uitzetten. Maar sommige schildpadden kunnen de ruimte in hun lichaamsholten vergroten of verkleinen om te kunnen ademen. Indiase flapshell-schildpadden hebben een gespierd vel rond hun longen dat kan uitzetten en samentrekken om ademhaling mogelijk te maken. Net als slangen moeten sommige schildpadden, waaronder de groene zeeschildpad, hun adem inhouden tijdens het bewegen. Amerikaanse doosschildpadden daarentegen kunnen tegelijkertijd ademen en lopen, terwijl roodwangschildpadschildpadden tijdens het bewegen kleiner ademen. Sommige waterschildpadden hebben zelfs kieuwen op hun lichaam om hen te helpen bij de ademhaling.